Sequenzidentität und Vorlagenauswahl sind weitere wichtige Parameter. Sequenzidentität ist das Ausmaß, in dem zwei Sequenzen die gleichen Rückstände an den gleichen Positionen aufweisen, wenn sie aneinander ausgerichtet sind. Die Sequenzabdeckung zeigt an, wie viel Sequenz für die Generierung des Modells abgedeckt ist. Die Vorlagenauswahl und die Auflösung der Vorlage sind sehr wichtig. Die Entscheidung, die beste Online-Software zu wählen, wird auch mit der Verwendung von zwei weiteren Proteinen validiert, eines ist das kleine Protein InhA (269aa) und das zweite ist ein relativ langes Kettenprotein, KatG (740aa). Beide Proteine sind von M. tuberculosis mit Kristallstrukturinformationen in der PDB-Datenbank. Tabelle 1 zeigt auch die Ergebnisse der InhA- und KatG-Proteinmodellierung. Für InhA lieferte die gesamte Software bessere Ergebnisse, wie wir es im Fall von Icl bekommen haben, aber im Fall von KatG ist das gleiche Problem der unvollständigen Sequenzabdeckung von fast allen Software, wie wir in RpoB Protein begegnet.

Mit zunehmender Proteindauer wird es für automatisierte Software schwierig, die richtige und am besten geeignete Vorlage zu finden. Die Ausrichtung wird auch mühsam durchzuführen. Dieses Problem wurde von Phyre2 übernommen, das mehrere Vorlagen verwendet, um die gesamte Sequenz abzudecken und bessere Faltmuster zu suchen, um die vollständige dreidimensionale Struktur des Proteins zu bilden. Dies führt zu einer erhöhten RMS-Abweichung, aber die Gesamtqualität der Struktur ist sehr zuverlässig. Die modellierte Struktur kann für weitere Analysen nach Änderungen nach der Modellierung verwendet werden. In Anerkennung dieser Beobachtungen liefern Fair-Value-Modelle aufschlussreiche Signale für langfristige Anleger und für große Preisunterschiede. Kurzfristig ist ihre Verwendung jedoch begrenzt. Daher schlagen wir eine No-Arbitrage-Bedingung vor, die auf der Bergbautätigkeit aufbaut: den Ansatz der Bergbauparität. Im Geiste ähnelt es dem Begriff der Münzparität6, der in metallischen Systemen wie dem Goldstandard verwendet wird, um den Preis zweier Währungen zu vergleichen. Um unser Modell zu schätzen, führen wir eine OLS-Regression auf die logarithmische Transformation unseres Modells4 aus.

(Beachten Sie, dass zur Lesefreundlichkeit Variablen, die zuvor in Großbuchstaben geschrieben wurden, in kleinen Buchstaben notiert werden, wenn sie in Logarithmen ausgedrückt werden. Interessierte Leser sind eingeladen, den Anhang zu prüfen, um zu sehen, wie wir zum ökonometrischen Modell gekommen sind.) Nach der Neuordnung wird das ökonometrische Modell zu Koordinierungsterminen, die Aussteller, Einzelhändler und Presse, die beide Messen besuchen, vermeiden, innerhalb von zwei Monaten zweimal in die Schweiz zu reisen, was die Organisatoren hoffen, dass sie beide Veranstaltungen stärken und die Sorgen um die Kosten zerstreuen werden.